Надо понимать, что ЕИО присоединяемой компании должен успеть совершить все необходимые для реорганизации действия. Так, присоединяемая компания на последнем этапе процедуры должна подать в налоговый орган заявление о внесении записи в ЕГРЮЛ о прекращении ее деятельности, и подписать его должен директор.
1 способ - По завершении реорганизации можно инициировать сокращение штата (уже через единую компанию) и уволить директора по сокращению. После этого необходимо четко соблюсти все этапы и сроки процедуры, установленной для увольнения по сокращению: в частности, персонально и под расписку уведомить директоров о предстоящем сокращении за два месяца (ч. 2 ст. 180 ТК РФ), предложить им все имеющиеся у компании-правопреемника вакансии, включая нижеоплачиваемые (ч. 3 ст. 81, ч. 1 ст. 180 ТК РФ), получить отказы занять соответствующие вакансии. Именно процедурные упущения чаще всего становятся причиной того, что увольнение по сокращению суд впоследствии признает незаконным (п. 29 постановления № 2). При оценке квалификации директора можно учитывать, например, опыт руководящей работы, масштаб компании, которой он управлял, включая динамику ее финансовых показателей, количество подчиненных, знание специфики деятельности компании-правопреемника и т. д. В идеале лучше пригласить независимое кадровое агентство для проведения подобного анализа. Это минимизирует риск того, что кто-то из «недооцененных» директоров сошлется на неправильное применение преимущественного права на продолжение трудовых отношений.
2 способ - Согласно ч. 5 ст. 75 Трудового кодекса РФ изменение подведомственности (подчиненности) организации или ее реорганизация (слияние, присоединение, разделение, выделение, преобразование) не может являться основанием для расторжения трудовых договоров с работниками организации, в том числе и с его руководителем, если он согласен работать в новых условиях. Прекращение действия трудового договора возможно только в случае отказа работника от продолжения работы.
Т.е. уволить ЕИО присоединяемого ЮЛ можно после того, как работодатель получит его отказ от работы на новых условиях.